游离DNA提取方法一般有TRizol方法、离心柱法、磁珠法。其中，Trizol方法与离心柱相比，提取效果相当，但是因其对操作者带来的毒性，现在越来越被弃用。磁珠法比较适合机器自动化提取，如果没有核酸提取仪，只是使用磁力架配套提取，磁珠法的操作就比较麻烦且容易导致样本交叉污染。另外，根据研究，磁珠法的核酸提取得率不如离心柱法。如果要提取的游离核酸的量比较低，选择离心柱法。对于游离DNA含量较低的样本或比较珍贵的样本或样本总数不是很多的实验室，想到的是核酸提取方法应是离心柱法。离心柱法游离DNA提取原理主要是样本裂解后，DNA在高盐条件下与硅胶膜结合，再在低盐、高PH值时将DNA从硅胶膜上洗脱下来。面对各种品牌的离心柱法提取试剂盒，哪种才是适合的呢？目前国内常用的离心柱法游离DNA提取试剂盒有国内品牌Biog、品牌Q、国内品牌T等。
我们以下就几种游离DNA提取试剂盒进行比较。一、有较高的提取得率。核酸提取得率的确定，常用的是使用紫外分光光度计的方法。但是，血清、血浆样本中游离核酸含量较低，如果直接用紫外法检测，得出的数值并不准确，而且多次测量的结果会变异很大。关于提取得率，Qiagen的研究数据是1ml正常血浆样本cfDNA得为7.35ng左右，但如果白细胞大量凋亡，血浆中的游离DNA量会有所增加，肿瘤病人血浆中的DNA会大幅增加。有些研究者提取血浆核酸后习惯于先用紫外检测浓度，发现紫外检测不出来或浓度很低时便认为提取失败，放弃后面进一步的实验，其实并不可取。我们可以把紫外读数作为参考，但是不能作为判断得率的标准，还是要做个PCR或荧光定量。根据Qiagen公司的实验，血清血浆的量与提取的核酸量成正比。因而，如果要提高核酸得率，可通过增加血清或血浆的量来实现。一般地，做血浆或血清核酸提取，样本量在1ml以上。如果1ml或更大量样本得不到满意的检测结果，则应及时考虑更换提取试剂盒。目前国内常用的血浆核酸提取试剂有品牌Q、国内品牌T、国产品牌Biog等，我们实验室使用下来，Biog的核酸提取得率较高，1ml肺癌病人血浆样本DNA得率在85ng左右，Q的得率在72ng左右，T的得率在63ng左右，基本上都能满足下游PCR实验的需求。当然，如此低的浓度直接测OD值不太容易，如果使用Nanodrop2000c，其检测下限为2ng/ul。如洗脱液为30ul，则需要1ml左右的血浆才能检测出来。显然，如果是健康人的血浆，1ml血浆的DNA浓度更低，紫外可能根本就检测不出来。因而，血浆DNA提取完成以后，直接做PCR，紫外检测的意义不大。